Was man nicht mehr braucht, verräumt man im Keller. Aber auch alles, was nicht gesehen werden soll, wird dort unten verstaut. Im Keller erzählt Geschichten von Menschen, die ihre Obsessionen im Versteckten nachgehen. Es geht um Sexualität und Schussbereitschaft, um Riesenschlangen, die in Terrarien liegen, um Fitnessräume und Waschkeller und Opernarien, die in Gewölbekeller verklingen. Nacktes Fleisch wird geschlagen, vor lauter Lust geschrien und unter einem Hitler-Bild werden Herrenwitze gerissen. Nach seiner Paradies-Trilogie kehrte Ulrich Seidl 2014 mit diesem Film zur dokumentarischen Form zurück.
Die Nachtmeerfahrt durch das Seelen-Souterrain führte 2014 zu einem wochenlang tobenden politischen Skandal und zum Rücktritt von österreichischen Politikern.