Die Ursprünge der Höfleiner Kirche gehen bis in die Mitte des 12. Jahrhundert zurück, wo in einem Kaufvertrag als topographische Bezeichnung eine „Cellula Hovilin“ erwähnt wird. Die Lage des wehrhaft angelegten Ensembles lässt auf noch deutlich weiter zurückliegende Ursprünge schließen.
Es ist sehr naheliegend, dass sich wahrscheinlich an dieser Stelle bereits ein römischer Wehrturm befunden haben wird.
1140 wird der Ort schon nach dem Patrozinium „St. Margareten“ genannt und kommt Anfang des 13. Jahrhunderts in den Besitz der Grafen von Plain-Hardegg (das heutige Höfleiner Ortszeichen geht auf deren Siegel zurück), die 1248 den Ort samt dem Patronat über die Kirche dem Stift Klosterneuburg übergeben.
Mitte der 1960er-Jahre wurde der alte graue Verputz an der Außenseite der Kirche abgeschlagen und so die frühromanische Bausubstanz der Höfleiner Pfarrkirche wieder sichtbar.
Der ursprüngliche Kirchenbau war etwa halb so lang wie die heutige Kirche, aber wahrscheinlich etwas höher. Der Eingang befand sich westlich und ist heute von einem turmstüzenden Pfeiler verdeckt, der romanische Bogenansatz ist aber noch deutlich sichtbar. Auf der Nordseite der Kirche kam eine kleine Ausfallpforte zum Vorschein, ebenso die alten romanischen Rundbogenfenster und – knapp vor Ende des ältesten Teiles, wo man die Baulinie zur Erweiterung des 17. Jahrhunderts deutlich erkennen kann – hohe, schießschartenartige gotische Spitzbogenfenster.